Ничего сложного нет. Оформляешь себе электронные сертификаты подписи и печати (если ты сам как СПД и работаешь с печатью). Дальше несешь открытые ключи в налоговую и пенсионный (хотя там сдавать раз в год - если конечно у тебя нет наемной силы). Там еще некая процедура бумажная типа заявление. Ну и юзаешь ПО для составления и отправки отчетности (например Бест-Звит или Арт-Плюс).
А вообще вот статья полезная как раз по твоему вопросу и для СПД )))